googleよりフォトとドライブの連携をしている人を対象に、連携簡素化とユーザ操作性の改善のため？自動連携停止とのアナウンスがメールできました。
アナウンス内容

連携機能があると、フォトへのバックアップとドライブへの自動連携で、PCまでファイルが連携されPCでのファイル確認がすごく便利だったので残念な気がします。今後はフォトでドライブにコピするファイルを選んで手動でコピー。高品質モードなので影響は少ないと思いますが、ドライブ側の容量を気にしながらの利用になります。

ドライブからファイルを削除するとフォトからもファイルがなくなるトラブルはなくなると言うこと。残念に思える部分もありますが、この手のトラブルは多かったとも予想されるので仕方ないのかな？